Ez a gyűjtemény az egyik leghíresebb és legnagyobb gyűjtemény a világon, mely az ókori közel-keleti, római, etruszk művészet remekeitől kezdve a középkor, reneszánsz művészein át, egészen a 19. századig mutat be műremekeket. A múzeum több részből áll, mint például:
- Vatikáni képtár: XI. Piusz pápa megbízásából hozták létre ezt a képtárat, középkortól kezdve vannak itt képek, a képek között, Rafaello, Michelangelo és Fra Anglico képei is megtalálhatók.
- Museo Pio-Clementino: a múzeumot XIV. Kelemen pápa alapította, görög, római műkincsek vannak itt.
- Museo Gregoriano Egizio: ez a Gregorián-egyiptomi múzeum, itt található a híres “Halotti könyv” és a “Grassi-gyűjtemény”.
- Museo Gregoriano Etrusko: ez a Gregorián-etruszk múzeum
- Musei di Antichità Classiche
- Museo Pio Cristiano (Lapidari Cristiano és Ebraico) – Keresztény leletek, szobrok és szarkofágok láthatók ebben a múzeumban.
- Museo Missionario-Etnologico
- Museo Sacro (könyvtár)
- Museo Gregoriano Profano – A múzeumot 1884-ben alakította ki XVI. Gergely pápa a lateráni palotában és 1970-ben helyezték át Vatikánba. A gyűjtemény eredeti ókori görög szobrokat, görög eredetik római kori másolatait és a Kr.u. 1 – 3 század római szobrászat műveit.
- Museo Storico Vaticano – A múzeumot 1973-ban alapították, és mindenféle közlekedési eszközöket láthatunk itt, mint például pápai hintókat, kocsikat.
- Museo Chiaramonti – Az 1807-ből származó múzeumban szobrokat és különösen római mellszobrokat találunk, nevét VII. Chiaramonti Pius pápáról kapta.
- Museo Filatelico e Numismatico (Numizmatikai gyűjtemény)
- Collezione d’Arte Religiosa Moderna (Modern vallásos művészeti gyűjtemény)
